超凈工作臺的操作規程主要包括使用前的檢查、使用過程中的操作規范以及使用后的清潔和維護。具體內容如下：
使用前的檢查：接通超凈工作臺的電源，旋開風機開關，使風機開始正常運轉，檢查高效過濾器出風面是否有風送出。檢查照明及紫外設備能否正常運行。工作前必須對工作臺周圍環境及空氣進行超凈處理，并采用紫外線滅菌法進行滅菌處理。凈化工作區內嚴禁存放不必要的物品。
使用過程中的操作規范：使用工作臺時，先經過清潔液浸泡的紗布擦拭臺面，然后用消毒劑擦拭消毒。接通電源，提前50分鐘打開紫外燈照射消毒，處理凈化工作區內工作臺表面積累的微生物，30分鐘后，關閉紫外燈，開啟送風機。工作臺面上不要存放不必要的物品，以保持工作區內的潔凈氣流不受干擾。
使用后的清潔和維護：操作結束后，清理工作臺面，收集各廢棄物，關閉風機及照明開關，用清潔劑及消毒劑擦拭消毒。開啟工作臺紫外燈，照射消毒30分鐘后，關閉紫外燈，切斷電源。每二月用風速計測量一次工作區平均風速，如發現不符合技術標準，應調節調壓器手柄，改變風機輸入電壓，使工作臺處于最佳狀況。每月進行一次維護檢查，并填寫維護記錄。
超凈工作臺的維護保養包括定期清潔和更換過濾器。具體內容如下：
外部進行保潔，一般外部的工作臺面用不掉毛的清潔布擦拭即可。
工作臺面的保潔，一般最好使用無塵車間的專用抹布進行清潔。尤其注意的是禁止使用容易掉毛的毛巾進行擦拭。在擦拭過程中，也可以使用酒精作為擦拭液體。
工作臺的初效過濾網，由于初過濾網一般為G4過濾棉，過濾棉可清洗3-4次左右，勤洗勤換初效過濾器將可有效的保護高效過濾器和風機。
風機的保養：由于風機的持續長時間運轉，很難避免有一些灰塵會進入到風機內部，還是需要定期對風機的軸承進行加潤滑油保養。同時要對風機葉輪和表面的灰塵進行酒精擦拭。
高效過濾器的保潔：高效過濾器的濾芯由于其過濾精度較高，且主要材質是玻璃纖維紙材質，是不能清洗的，只能定期更換。根據使用環境，一般在非潔凈的密閉空間里，2年左右就需要更換一次